番木瓜是淺根性，不可耕鋤過深，以免傷及根部。勞力缺乏時，可用除草劑防治雜草，雜草種子萌芽前，可全面噴佈達有龍（卡滅克斯）400倍液；或萌芽後用克無跡（巴拉刈）200倍液。使用殺草劑應注意：
（1）藥劑必須在土面上噴施均勻，不可噴及木瓜莖葉根幹，以免藥害。
（2）土壤乾旱，風力較強或下雨時，不宜噴藥。