木黴菌屬(Trichoderma)為一普遍存在於植物殘株與土壤中的腐生性真菌，部分木黴菌可生產多種酵素應用於酒精、紡織、造紙、飼料等工業與其他相關產業，其中之纖維分解酵素（cellulases）及幾丁質分解酵素（chitinases）在環保及農業上亦有特殊之用途。堆肥製作過程中添加此菌，可以促進有機物之分解，縮短堆肥腐熟時程，且堆肥化過程中臭味也明顯降低。施用含木黴菌之堆肥除有促進作物生長之作用外，對多種作物病害亦具防治效果。

木黴菌可用來防治病害或抑制病原的主要機制，包含產生細胞壁分解酵素、產生抗生素、營養競爭、超寄生及誘導植物產生抗性等幾大類。一株木黴菌可能具上述單一或多項之抑菌機制，且不同菌種(株)具不同生物、生化特性與環境適應力，施用後之病害防治效果因而有所差異。篩選優良菌株投入適當環境，方可確保之預期之作用。目前台灣已有核可登記之木黴菌，為台灣本土篩選之菌株「綠木黴菌 R42」，商品名稱為「根益旺」，劑型為其他粉劑，可用來防治蔬菜苗立枯病。