一、柑橘潛葉蛾
俗稱畫圖蟲或二能蟲。為小型蛾類，是危害新芽及新葉的害蟲，幼蟲會潛入嫩葉取食葉肉，導致新葉捲縮，被害狀似地圖，易伴隨潰瘍病發生。於新梢生長期，應特別注意防治。

二、柑橘小黃薊馬
俗稱苔、刺馬或花虱。小黃薊馬主要危害新葉及幼果，此蟲會刺破幼嫩組織表皮，吸取細胞內汁液，造成表皮細胞壞死。葉片受害呈縱向皺縮，果實受害會隨果實增長而擴大造成果皮龜裂，呈現不規則斑點與疤痕，影響品質與外觀。防治適期於新梢期、花期及幼果期，特別是幼果期應注意防治。

三、柑橘銹蟎
俗稱銹蜱、銹蜱虱。銹蟎體型相當細小，不易察覺，主要發生於中果期，此蟲會以刺吸式口器刺裂果皮或葉片外層細胞，吸取汁液，造成果皮和葉片變成暗褐色至黑色的被害狀，柚類受害會產生流淚狀之褐色淚斑。在果實進入中果期時應特別加強銹蟎的防治，

四、柑橘葉蟎
俗稱紅蜘蛛。柑橘葉蟎主要吸食葉片汁液，造成葉片上呈現蒼白色斑點，嚴重時會造成生長勢衰弱，甚至落葉。乾燥季節密度較高，危害亦較嚴重。經常使用銅劑會助長柑橘葉蟎之發生，應特別注意。防治時應注意輪替使用不同作用機制之殺蟎劑，以避免抗藥性的產生。

五、柑橘介殼蟲類
俗稱龜神或介殼蟲。成蟲及若蟲多附著於枝幹、葉片或果實上吸食汁液危害，卵產於殼或粉狀之棉絮內，常發生於通風不良處。最近麻豆地區柚類主幹上嚴重發生之介殼蟲，稱為茶片盾介殼蟲，實應注意。防治時應著重枝條剪，加強樹體之通風，於春芽萌發前應適度以礦物油進行全園噴灑，可有效防治於枝條、葉片上的介殼蟲。

六、東方果實蠅
俗稱蜂仔或果神。此蟲是果樹的重要害蟲，於柚類果實上產卵為害時，會造成表皮流膠，受害果實風味改變，果品喪失商品價值。在防治上應進行全年懸掛含毒甲基丁香油進行長期誘殺雄蟲，且落實區域共同防治工作，族群密度方能降低；另於密度高峰期可於園內點噴添加殺蟲劑之蛋白質水解物同時誘殺雌雄蟲，以降低園內東方果實蠅密度。紅柚亦可進行套袋減少果實的受害。