近5年來臺灣水稻田中混雜雜草型紅米水稻自生苗的情形日漸普遍，雜草型紅米本身口感品質不佳，生長田間還會跟栽培稻株搶養分，造成稻株碎米率提高，影響產量。農業試驗所透過分子標誌技術，建立全臺紅米分布熱區圖資，並發現其存在由南往北傳播繁衍的趨勢；要減少田間混雜紅米，農試所鼓勵農民採用檢定合格稻種，亦可透過生產管理3步驟，清除田間紅米稻種，確保收成。
雜草型紅米是臺灣原生水稻族群演變而來，與一般水稻品種同屬同種，因其糊粉層呈現紅色，故有紅米之稱。由於雜草型紅米植株外觀與一般水稻一樣，不易進行追蹤與防治，農試所透過分子標誌技術，追蹤全臺143處採種樣品，確認其族群分布，可協助糧政單位掌握輔導熱區；並在鑑定552組紅米樣品後，可知其源於1945年前的秈稻紅米地方品系，基因型可與近代有色米、稻米品種做出區隔，有助強化水稻三級繁殖制度良種更新。
雜草型紅米抽穗期早熟，可見田間植株高於栽培稻株。（圖片提供／農業試驗所）
臺灣水稻田混雜紅米數量時多時少且反覆發生，根據農試所副研究員吳東鴻調查研究，因部分農民二期作未重新插秧，而是留一期作的宿根栽培再生稻，才使得田間落粒紅米自生苗愈來愈多；且因水稻收成機械化，紅米稻種隨收穫機由南往北收成而傳播，以及北部地區因天冷無法自行育苗而跟南部購買秧苗，南秧北調的情形，都會促使紅米由南向北繁衍擴散。
紅米經碾磨去除糊粉層，其白米狀態與一般水稻沒有分別，但口感卻偏乾硬。吳東鴻表示，紅米不僅口感不佳，它在田間還會搶奪一般水稻的養分，田間紅米自生苗只要混雜率達到0.4%，就能使白米碎米率增加，完整米率從68%降到60%，影響品質等級。吳東鴻在高雄市美濃區農會契作300公頃「高雄147號」水稻田進行採樣研究，他估算，完整米率減少8個百分點，每公頃平均產量6600公斤就會少掉528公斤，以此品種水稻零售價每公斤83元估算，每公頃損失4.38萬元，300公頃就有1314多萬元的損失。
要避免田間出現雜草型紅米，農民除採用檢定合格稻種，避免摻雜紅米，亦可透過3步驟的生產管理，降低田間紅米數量。吳東鴻指出，稻田收穫畢，農民若立即整地可能將紅米落粒翻埋入土，紅米會在土裡休眠3至5年，翻出後又發芽，故第1步驟建議農友收穫完先淹水，促使其發芽，發芽後再整地，如此便能滅絕8成紅米。
淹水插秧後，農民會施用1次短效型除草劑如「丁基拉草」來防治田間雜草，吳東鴻建議，第2步驟便是將此除草劑施用次數從1次增加到3次，每次間隔1週時間，如此抑制田間紅米自生苗可較栽培稻株晚1個月長出來；第3步驟，等到栽培稻株開始結穗，農民便可將延遲1個月生長、尚未結穗的紅米自生苗拔除。
雜草型紅米落粒若翻埋入土，可在土中休眠3至5年，被翻出後再發芽。（圖片提供／農業試驗所）
農業試驗所副研究員吳東鴻研究發現，雜草型紅米存在由南往北傳播繁衍的趨勢。（圖片提供／農業試驗所）
