微生物肥料依功能性如溶磷、溶鉀及菌根菌等，依商品使用方法施用

微生物肥料係指其成分含具有活性微生物或休眠孢子，如細菌、放線菌、真菌、藻類及其代謝產物之特定製劑，應用於作物生產具有提供植物養分或促進養分利用等功效之物品。

微生物肥料以其所具有之功能區分成不同商品，依據肥料管理法有品目編號8-01豆科根瘤菌肥料、8-02游離固氮菌肥料、8-03溶磷菌肥料、8-04溶鉀菌肥料、8-05複合微生物肥料及8-06叢枝菌根菌肥料。可依據微生物具有之功能區分成固氮、溶磷及溶鉀等，另亦可依據微生物是否與植物共生，並發揮供應作物養分與提高作物養分利用率之功能，如豆科根瘤菌肥料與叢枝菌根菌肥料。

微生物肥料之應用，須依土壤環境選用合適之肥料種類，通則為土壤有機質含量高或施用微生物肥料時，併施用有機質肥料，較能發揮功效。由於溶磷及溶鉀菌只能提高土壤磷鉀肥之植物利用的有效性，因此土壤磷鉀含量不足，施用此類微生物肥料不易發揮效果；而共生型之微生物肥料，需考量與宿主之專一性，其中，根瘤菌與宿主之專一性效應遠高於叢枝菌根菌。

   
    一般於蔬菜作物幼苗期施用微生物肥料如溶磷(鉀)菌1次，生育期施用1-2次

微生物肥料施用除依功能選用外，還須配合減施化學肥料，如施用固氮菌則氮肥宜少施。微生物肥料施用方法可依不同產品說明施用，早期接種並搭配適時補充較能發揮效益，如種子接種與植株幼苗接種，而果樹則可於基肥施用時合併使用。由於不同作物及土壤環境皆可能影響微生物肥料之功效，可試驗不同產品對作物生長效果，其中產品選擇上應選擇不同菌種或菌株，避免使用同一菌株不同肥料配方之產品。因微生物肥料須以微生物發揮功能以產生肥效，而微生物通常具多功能性，對於促進作物生長及改善土壤環境具有特殊角色，端看如何融入既有之栽培系統及如何調整栽培系統以使其發揮功效。

   
果樹作物可配合雨後施用，或搭配園區灌溉系統施用