海草床雖然提供了許多海洋生物棲息的空間及豐富的食物，但隨著頻繁的產業在海草床活動，如挖拾貝殼與槍蝦、錨害等，使得綿延不絕的海草床呈現破碎狀，再加上海岸線的水泥化、航道的疏濬、極端的氣候等因素影響，使海草每年大量流失，甚至消失。

以扒具採拾貝殼，使得海草床大量被刮除流失。

   
穴居於海草床下的短脊槍蝦是釣客喜歡用的釣餌之一（圖左），採捕時多以徒手挖掘（圖右）。

   
槍蝦被挖掘後，海草床也多被破壞。

經數個潮汐後，被挖離的海草隨漲潮的海水流失，使綿密的海草床變成支離破碎狀。

航道的疏濬使泥沙和汙泥將海草床覆蓋而消失