高品質種苗利於生產乾淨、高產、高質之產品，除台農1號因為雜交種，以扦插或嫁接方式繁殖以維持遺傳特性外，其餘可利用種子播種、扦插、嫁接及組織培養等方式生產種苗。
播種法須先以發酵方式移除假種皮上黏液，果實採收後將種子及假種皮置於塑膠容器中，每8小時搖動或攪拌一次，約浸泡24-48小時，再用清水沖洗、搓揉將種皮上黏液物質去除，將種子表面水分吸乾，置於乾燥、陰涼處風乾約2-3天，再以密閉容器包裝，於4-6℃環境可保存約2年。播種以每年8-9月或2-3月較適合，挑選乾淨無病蟲害環境與有機質高、排水良好及透氣性佳之介質，播種前可將種子置於30-40℃溫水中12-24小時以加速發芽，播種深度約1公分再覆上薄土，發芽所需時間依環境狀況而定，約需18-25天，待發芽株高3-5公分，約3片葉齡時，可移植置3-4寸長盆內，播種後約60-65天、株高約20-25公分、具10片本葉、出現第1捲鬚時，可移至田間定植。
扦插法可選用成熟枝條或嫩稍，扦插以3-4月及9-10月較適合。成熟枝條採取前一年度長度約20-30公分、直徑約0.4-0.6公分、帶有4-5個花苞、莖節較短之枝條，將基部2節之花苞及葉片剪除，剩餘之葉片減半以減少水分散失。扦插前基部切口可先浸泡2%次氯酸水消毒，再以奈乙酸 250 ppm浸漬3-5秒，介質為珍珠石:蛭石:泥炭土以2:1:1混和，嫩稍以每穗一節做為插穗，保留芽點及葉片，再以吲哚乙酸1000 ppm浸漬3-5秒，介質與成熟枝條相同，搭配定時噴霧設施，置於高濕、避免陽光直曬環境，約30天即可發根。
嫁接法普遍用於商業種苗生產，黃百香果因具生長旺盛、耐濕、耐旱及抗萎凋病(Fusarium wilt)的能力，適合作為臺農1號或紫百香果的砧木，嫁接全年皆可實行，但夏季因高溫多濕，較易因微生物繁殖使接穗腐爛，嫁接成活率較低。黃百香果由播種至可作為嫁接用葉片數約12-15片、苗高約20公分、莖徑約0.3公分以上約需2個月，接穗選用大約相同粗度枝條，每一接穗取一節，剪去一半葉片，以切接或劈接(大多數)進行，黃百香果切除根砧頂部，由根砧頂部切開約1.5公分，插穗削切成偰型後插入，再以瓜類嫁接夾或塑膠帶固定，使形成層緊密接合，至於高濕度、避免陽光直射地方，約1個月後可定植。亦可採用嫁接插法，以黃百香果為根砧兼插穗，嫁接床宜有自動噴霧設備以提高成活率。組織培養方式可快速且大量的生產乾淨、整齊之種苗，但目前仍未有商業化之生產模式。