病原菌：Nectria haematococca。病徵發生於莖基部與地表交接處，初期呈褐化腐爛現象，但患部屬乾腐狀不會軟化。莖基部會逐漸膨大且於皮質產生裂痕，進而傷及輸導組織，嚴重時呈環狀剝皮狀，而造成植株逐漸萎凋。溼度高時，病斑表面產生紅色小球狀物，是病原菌之子囊殼。紫色百香果易感染頸腐病，黃色種具抗性，因此商業化百香果苗均以黃色種作為砧木，嫁接台灣1號百香果接穗。本菌無性世代為Fusarium solani，可營腐生生活。本病好發於排水不良之栽培地區，且高溫多濕季節較容易發病。
防治方法：選用黃色百香果為砧木之嫁接苗。部分農民自行以台農1號百香果枝條，扦插繁殖，除非果園排水良好，否則此種扦插苗極易罹患頸腐病。選擇通風及排水良好之地區栽培。若見果樹於中午高溫時有失水、但黃昏時會恢復之現象，則可能已經感染而為發病初期，此時可撥開地際土表觀察，若發現有上述乾腐病徵，可以清潔之刀片將患部表層切除，再塗以保護性藥劑如撲克拉乳劑，亦可達保護效果。部分植株發病死亡後，需將病株莖基及根冠部連同土壤一併挖除，並加以曝曬。若欲補植，不要將植株栽植於原發病株位置。