紅龍果栽種面積與產量逐年增加，連帶病害問題也逐漸浮現，重要性不容忽略。目前田間栽培期主要之病害限制因子為潰瘍病與濕腐病。潰瘍病主要靠帶菌種苗傳播，感染部位幾乎涵蓋整個地上部；而濕腐病為果實與採收後儲藏期之重要病害，嚴重影響紅龍果產量與產值。此外，其它儲藏期病害亦常影響果實外觀，縮短櫥架壽命與降低商品價值，包括炭疽病菌、Fusarium sp.、Phomopsis spp.、Bipolaris sp.、Alternaria sp. 及 Penicillium sp. 等。其中，Alternaria sp. 與 Penicillium sp.除造成果實花斑與腐敗外，果實在 4 oC冷藏後，病徵仍會出現，是紅龍果冷藏保存的最大限制因子。在病毒病害方面，台灣目前栽種之植株幾乎都受到病毒感染，且三種病毒病害在田間常複合感染，造成植株生長勢衰弱。雖然病毒對於產量的影響性尚未有定論，可是其重要性可能被低估。以下將詳細介紹紅龍果栽培期與儲藏期重大病害及其防治方法。