2008 年，諾貝爾化學獎頒給日本化學家下村脩（Osamu Shimomura）、美國科學家馬丁‧查爾菲（Martin Chalfie）和美籍華裔科學家錢永健（Roger Y. Tsien）3 人，表揚他們所發現的「綠色螢光蛋白」。他們發現水母的發光機制與螢火蟲不同，具有兩種特殊的蛋白，一是水母素，另一是綠色螢光蛋白。水母的螢光素－水母素會發出藍光，藍光經由綠色螢光蛋白吸收後，釋出綠色螢光。他們利用水母分離純化出「綠色螢光蛋白」。
起先綠色螢光蛋白並未受到重視，礙於顯微鏡技術的不足，往往無法直接觀察細胞內的真實情況。後來顯微鏡及影像系統的發展，及綠色螢光蛋白的發現，使研究人員可以經由顯微鏡，輕鬆確認生物體內各種基因表現的情形，和生物體內各種功能的相關性，也開始促使綠色螢光蛋白廣泛運用於基因和蛋白質的標記上。
綠色螢光蛋白運用在特定細胞（幹細胞、癌細胞等）或組織中表現，則可即時觀察生物體中特定細胞或組織的發育、轉移等現象，此亦突破了以往無法於生物活體中即時觀察細胞或組織的困境。且可利用多種不同顏色的螢光蛋白，標定不同的胞器或組織，可在同一時間點觀察細胞發生或胚胎發育的過程。