1.收穫時機
薏苡抽穗期長達一個月，因此子實成熟度不一致，生育後期如水分供應不足，或遭遇強風吹襲，常有成熟子實脫落的問題，影響產量。因之收穫時機的判定甚為重要。一般薏苡收穫適期判斷，可在抽穗後約60-70日，全株籽實70-80%成熟時，即可收穫。也可視主要莖桿末3節籽實約90%成熟後開始收穫。
2.收穫方法
薏苡收穫可利用水稻聯合收穫機或雜糧聯合收穫機進行收穫。一般剛收穫籽實因成熟度不同，其含水量介於30-40%不等。一期作收穫之薏苡籽實在7-8月間置於曬場曝曬一週，其籽實含水量可達13%以下。若使用乾燥機進行乾燥，送風溫度40-50度，須24小時使含水量降至13%。作為種原使用時，不宜在45度以上溫度烘乾，以免影響籽實活力及發芽率。
3.脫殼作業
薏苡籽實收穫後需乾燥完全，再行脫殼，籽實含水量不宜過高或過低，以避免碾製過程中產生碎粒，影響碾製品質。另薏苡籽實需先依大小選別分級，選別後可使用滾筒摩擦式碾米機脫殼，脫殼滾筒不宜過硬，以硬度75度之脫殼滾筒，配合在40-55%薏苡籽實寬度的滾筒間隙下，可提高籽實脫殼率，並降低其破碎率。
4.貯藏
薏苡籽實的含油率高，加上臺灣的氣候高溫多濕，貯藏期間容易產生蟲害或油敗味，因此除籽實水分須乾燥至13%以下外，貯放地點宜選擇冷涼的通風乾燥處，若貯存大型在倉庫，需控制在溫度攝氏15度及相對濕度55%的條件下。