剛收穫之小麥其含水率仍高，貯藏前則需乾燥，乾燥方式可利用日曬或循環式乾燥機(同水稻乾燥機)乾燥，循環式乾燥機乾燥時建議溫度為40℃，可維持小麥發芽率，避免熱損害及影響品質。小麥保存較適含水量為12%以下，若為種子用則為11%。乾燥後小麥不論商業用或種子用小麥皆需低溫乾燥貯藏，且需防範蟲害，種子用小麥建議貯藏庫設定於溫度低於12℃，相對濕度30%以下，以維持種子發芽率。