此病害係由鐮孢菌屬(Fusarium spp.) 之病原真菌所引起，主要以菌絲體潛伏在稻桿、玉米、高粱及雜草殘體上越冬。小麥抽穗、開花、灌漿時期，若是遇到連續陰雨天氣，容易造成此病害的發生與流行。此外，地勢低窪、排水不良與濕度大的小麥田，也容易罹病。感染初期在穗殼上產生水浸狀淡褐色斑點，逐漸擴大到整個穗部，氣候潮溼的情況下，穗軸與穗殼交界之基部會產生粉紅色之黴狀物，嚴重時，整穗枯死，影響產量甚劇。

管理策略：(1) 輪作方式：種植小麥赤黴病非寄主作物，降低赤黴病菌在田間的數量，特別避免種植玉米與高粱等作物。(2) 麥種消毒：赤黴病菌會感染小麥穗粒，使用潔淨及風選後的麥種，減少赤黴病菌的殘存與孢子數量，以降低感染此病害的風險。(3)藥劑防治：國外對於此病害之防治策略可於小麥開花期前後各施用殺真菌劑1次，防止赤黴病的孢子從開花處侵入感染，以降低赤黴病的發生。目前國內正在篩選適合之防治藥劑的使用，期能提供農友防治參考。