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芋螺毒素種類繁多，故會有不同的命名，且常常以縮寫來表示。其中含兩對或兩對以上雙硫鍵的多胜肽，稱之為芋螺毒素 (Conotoxin)，通常其命名的方式是先以一個希臘字母 (指出其藥理活性)，在一個連結號連接“conotoxin”，再以一個或兩個拉丁字母 (大寫或第一個字大寫，代表芋螺種屬)、一個羅馬字母 (代表半胱胺酸骨架及其排列方式) 及一個大寫的拉丁字母 (代表特定胜肽的變異性)。舉例來說，“ω - conotoxin GⅥA”，其來源為殺手芋螺 (Conus geographus)， “ ω ” 指出殺手芋螺的藥理學活性，“ G ” 則代表殺手芋螺的種屬，“ Ⅵ ” 為其雙硫鍵骨架類型，“ A ” 即為其特定胜肽的變異。
若出現功能相同而 Cys 骨架及配對方式不同的芋螺毒素，則通常在名稱中的希臘字母後加個大寫拉丁字母予以區分，如作用於 nACh (乙醯膽鹼)受體的 α- 和 αA- 芋螺毒素，又或者作用於鉀離子通道的 κ- 和 κA- 芋螺毒素等。
目前對於未知活性的胜肽，名稱上則不使用指定藥理活性的希臘字母，而是用一個或兩個小寫字母代表芋螺種屬，阿拉伯數字代表 Cys 骨架和排列方式，一個小寫字母代表胜肽的變異，例如 p5a, au5a 等，轉殖後得到的毒素序列則以 P5.1 和 Au5.1 等形式來命名。而其它不含雙硫鍵或只含單個雙硫鍵的，則以芋螺胜肽命名，如芋螺升壓胜肽 (conopressin)、芋螺遲緩胜肽 (contulakin)、芋螺睡眠胜肽 (conantokin) 等，因其數量少且種屬的分布相對稀少，命名則通常直接在名稱後加一個或兩個字母來表示其種屬來源，如conantokin-G 等。