有機苦瓜之栽培管理主要作為包括：

一、土壤宜選擇排水良好，較鬆軟的砂質至黏質壤土田區，土壤pH值以5.5~6.5之間最適合。

二、催芽及育苗
（一）催芽
苦瓜播種時需作催芽處理，一般栽培種大苦瓜類型的種子種殼較厚且硬，可先將種子利用指甲刀或瓜子夾將種子外殼輕輕夾破，再以45℃溫水浸種12~24小時，每6~8小時換1次水，浸種後以30℃催芽至胚根露出外殼後以鑷子播入穴盤。近年來新育成的苦瓜品種花蓮1-5號等小型苦瓜種子較小，種殼較薄，不需要破殼，直接進行育苗即可，惟於低溫期播種則可如上述之方法先浸種後以30℃催芽，以增加發芽率。

（二）育苗
催芽完成後之種子以50格穴盤播種，介質可利用泥炭土或經調配好之育苗介質。播種後保持介質的濕潤，乾濕變化不可過大，亦不宜處於浸水過濕狀態。苗株生長至展開3~5片本葉、根部生長旺盛時即可定植田間。

（三）作畦定植
1.作畦與棚架搭設 苦瓜種植時多利用棚架栽培，一般畦寬為4~5公尺，採用拱形或三角隧道式或水平式棚架，支架間利用瓜類栽培網支撐藤蔓。隧道式棚架採雙行單向栽培，水平棚架則可採用單行單、雙向或雙行單向栽培。
2.定植 為防除畦面雜草，可在定植前以銀黑色塑膠布或可長久使用之雜草抑制蓆覆蓋畦面(附圖)，配合株距每1.5~2.5公尺打洞定植。在苗株移植時，須注意儘量保持幼苗根球完整。定植後每日早晚給予澆灌或使用噴藥桶點灌，以避免土壤水分過多。待苗株成活正常生長後，再使用溝灌。台灣苦瓜播種定植適期，北部為3~6月；中部為2~9月；南部地區一年四季均可栽培，但冬季低溫期仍需選擇較耐寒的品種，以避免生長停滯，產量過低。

（四）理蔓
苦瓜多為子蔓開花結果，為促進開花結果及結果數，在苗株約60公分左右進行摘心處理，視栽培密度留3~6條子蔓。在藤蔓生長上棚架後，應注意藤蔓不可過密，需適當的修除不開花的冗蔓或過老的藤蔓。促使通風良好，並使上下層葉片較均勻接受到日照，以維持果實品質及結果量。也可減少病蟲害發生及危害程度，並利於防治。

（五）施肥
苦瓜生育期長，吸肥力強，氮肥效果顯著，故宜施用含氮量高的有機質肥料。基肥可選用腐熟堆肥，於種植前施下，每公頃用量12,000公斤以上。取適當距離條施，以耕耘機作畦後種植，或於作畦後在畦中央開溝施下有機肥後覆土，種植於畦兩邊。追肥使用量視生長時期採取撒施，施在地面距離根基部約10公分左右，使用含氮較高之油粕類有機資材或油粕液肥則可獲得較快效果。常用有機質肥料要素含量可以參考行政院農業委員會編印之作物施肥手冊。目前市面上有機質肥料種類很多，因此建議使用通過國產優良堆肥認證之有機質肥料品質較有保障。

（六）病蟲害防治
苦瓜育苗期間於初生本葉時可能遇到斜紋夜盜蟲幼蟲咬食葉片為害，葉片上出現被咬過的小孔狀；生育初期會遭遇蚜蟲於葉背為害，蚜蟲之族群稍有不注意即易大量產生。莖葉抽長後於新生出之葉片發現缺口之現象，即為瓜螟幼蟲開始為害，待蟲體逐漸長大，葉片捲曲，表示瓜螟已經成蛹。開花結果期容易遇到斜紋夜盜蟲幼蟲咬食葉片，倘不加以防治，待幼蟲逐漸長大容易造成大面積為害。斜紋夜盜蟲可應用性費洛蒙緩釋劑懸掛誘蟲盒誘殺，每公頃設置5~10個或利用蘇力菌在清晨或傍晚時進行防治。鱗翅目初齡幼蟲大多有群集性，應把握幼齡幼蟲尚未分散前噴藥之防治效果較佳。

結果期則需防止瓜實蠅的為害，瓜實蠅係臺灣苦瓜之主要害蟲，在臺灣中部、東部地區，瓜實蠅在苦瓜園內之族群密度於6月份急速上升，7~8月達到最高峰，10月後其族群始行下降。被害率隨瓜實蠅之族群密度增高而加大，對於瓜長4~20公分之瓜皆可危害，曝露時間愈長，遭受瓜實蠅危害愈嚴重。以謝花至瓜長2~3公分之被害率最低，套袋愈晚被害率愈高。苦瓜授粉後2-3天開始易被瓜實蠅產卵，噴施蛋白質水解物可誘殺雌蟲及雄蠅；克蠅香誘殺器懸掛於瓜田四週欉林或樹木間蔭涼處，避免陽光直射，瓜園每公頃設置10~20個；利用農藥空瓶或塑膠瓶噴上黏膠，亦可誘引瓜實蠅。

利用不同顏色粘紙誘引並黏著防治各種小型昆蟲，如黃色粘紙可誘殺粉蝨、蚜蟲、斑潛蠅及瓜實蠅等，藍色粘紙可誘殺薊馬，可減少害蟲之族群密度。蚜蟲及葉蟎可噴施窄域油500倍防治。田間釋放捕食性天敵如小黑花椿象主要捕食蝶、蛾類幼蟲、草蛉可捕食葉蟎、蚜蟲類、粉蝨類。 苦瓜病害種類包括白粉病、果腐病、炭疽病、病毒病、萎凋病、露菌病等；白粉病、露菌病及炭疽病發病初期，拔除罹病葉與枝條；噴佈葵花油＋無患子油(9：1)300倍液；植株未罹病前，噴佈枯草桿菌製劑。萎凋病發生田宜與水稻輪作或種植抗病根砧之嫁接苗。

（七）設施栽培
栽培時儘量以網室栽培減少病害發生及害蟲為害，並以輪作或嫁接等方式減少病害發生，同時注意勿過量施肥，尤其是氮肥用量。利用水平網室栽培苦瓜可有效防治瓜實蠅、蚜蟲等害蟲危害。冬季生產並且有保溫的效果。網室栽培同時也阻擋授粉昆蟲自然授粉，必須人工授粉或在設施內飼養蜜蜂幫助授粉，0.1公頃的網室以1箱（4片蜂片）的蜜蜂為原則。
 

近年來由於化學肥料、植物及動物的生長素、遺傳工程等的使用及演進，使得農業生產方式趨向工業化及密集化，解決了因人口增加而產生的糧食不足問題，同時也產生愈來愈嚴重的環境污染、食物污染及生態破壞等問題，因此如何維護環境品質，確保後代永續生存的空間，應該受到重視。

目前因應政府之有機農業推動政策，以永續、健康、安全、自然、環保、生態為發展主軸的永續農業、生態農業或有機農業近年來逐漸蓬勃發展，而像山苦瓜此類地方特色農產品，適合生吃或以鮮果汁型式做為產品開發方式，其品質與安全性便為消費者重要之考量，故山苦瓜以有機農業方向做為量產準則，為未來產品推動之有利因素。