花斑與白色外觀的出現不是突變(mutation)的現象，是屬於毛色顯隱性的遺傳表現。黑色為強勢的顯性基因，花斑外觀屬次顯性基因，而白色外觀則是隱性基因。

因此黑色顯性基因的純合子與雜合子在外觀表現上為黑色，因此在蘭嶼豬群中，黑色外觀占絕大比例。偶爾出現的花斑個體，是因為公母豬恰好均為雜合子(顯性黑,次顯性花斑)，因此子代會有1/4的比例出現純合子的花斑個體。而只要顯性黑與次顯性花斑基因當道，隱性白的基因則永無表現的機會，但在花斑豬近親選育的過程中，白色隱性基因方有機會形成純合子表現出來。