當歸植株抽花苔前為收穫適期，一般以9-10月為收穫適期，此時收穫之當歸根部品質最佳。植株開花後採收之根部，由於根部已逐漸木質化，此時收穫之品質稍差。種子成熟後，植株根部漸漸萎縮，此時之根部，不具商品價值。收穫時可利用耕耘機附掛一板犁，由畦面之一側翻犁，再將根部收穫；亦可利用人工之方式以圓鍬等收穫。採種子直播方式種植之當歸，採收之當歸根部具主根，故分支較少。採育苗方式移植栽培之當歸，採收之當歸根部鬚根較多。