各種花卉都有其特性。例如,嘉德利亞蘭，蝴蝶蘭等洋蘭具有豪華、絢爛的特色，而春蘭、寒蘭等東洋蘭則具有靜寂之美，因此，花卉的觀賞性由與觀賞者的喜好決定。
根節蘭種類多，且富於變異，因此呈現千變萬化形態，具有非常多樣化觀賞特性，是其他蘭類望塵莫及的。觀賞者的視點並不限於花卉、葉上呈現的斑紋，條紋也都成為花卉美的一部分，因而根節蘭的育種方向也多樣化。以園藝栽培為目的育種目標如下。
一、花色更加鮮麗，更加深色
花色鮮麗化和濃（深）色化，尤其是綠色、紅色、紫藍色、黑藍色等色彩的更鮮麗化，更深色化是育種努力的目標。通常是交配同色系列間之優質品種，不過花色的基因以色彩呈現於外表型之外，隱性基因會隔代表現，因此如何選擇交配親極為重要。當一個品種被利用來做交配親，由實生後裔開花所表現的花色，受到另一品種花色基因的影響，不一定能保持不變。
近年來，「藍色薔薇」是多數育種者的夢，但到目前為止還沒有成功。是否因為薔薇屬中並沒有可能造出藍薔薇的基因？紫陽花、牽牛花、矢車菊、露草等都有藍色的品種，根節蘭是否可能育出純藍色品種。不論洋蘭或東洋蘭，藍色花色是罕見的，不過，根節蘭品種中有紫藍色的花，由此可推論，未來根節蘭也許可藉由育種育出藍色花。藍色花的色素成分，可能是花青素中呈現藍色的一種色素，但是尚未有關於這種色素的報告，配合根節蘭的花色成分分析也許將成為育種上有效工具。
花色的表現，不僅由基因決定，還受開花前的日照，日夜間溫差等環境條件的影響，也可受土質、肥料成份以及其他植物體內的pH值等的影響而產生變化。育種時須先了解這些影響因素。
二、圓整的花形
花之美是由色彩和形狀所構成。蘭科植物的花花型尤其重要，猶如建築物的造形美。形狀優美的花有安定感，而形狀不佳的花，即使色彩鮮艷，觀賞者容易厭煩且不安定感。因此，育種過程中應把花形列為目標之一，即使在進行花色育種時，也不可忽略花形。根節蘭花當花色和花形配合良好時，才具較佳觀賞性。
根節蘭花形係以蕊柱為中點分成上下二部。上半部係由三片萼片和從萼片之間展開二片稍微狹窄的花瓣所構成。三片萼片的型態影響上半部的造形優美。萼片和花瓣的形狀廣闊而呈圓形且正的為佳。若五瓣尖端呈均勻尖狀更佳。下半部係由唇瓣構成，其形態也相當重要。不過側裂片、中裂片的形態，各種根節蘭都有其特徵，不能一概而論。下半部唇瓣相對於上半部若太小話，整個花將失去上下平衡而呈不穩定。此外，側裂片向後彎曲的花會造成唇瓣較小的印象，也不受歡迎。
根節蘭除了每一朵花的開花型態，花序整體的開花性狀也很重要，理想的開花狀態是花莖不彎曲、花與花的距離適宜，每朵花的上萼片都對花莖呈平行狀展開。
花形態、排列性及花莖的性質等特徵都由基因遺傳控制，因此應注意選擇交配親。
三、更大的花
在花的育種上，花的大輪化是被追求的目的之一。因為各花朵加大不但提高觀賞價值，在園藝上利益也較大。
花大輪化就是擴大各花被片。結果也擴大各瓣形。因此，若花形失去均衡時反而顯現信負面特徵。因此，若育種目標設定於大輪化時，選擇交配親時，除了巨大性以外也應注意花形條件是否合適，同時宜保留花色特徵之下加大花形。
四、延長觀賞期
根節蘭花期通常二星期多，不致於枯萎，做為花壇用已夠久，但做為盆花時就希望能更長久。觀賞期間延伸到一個月的話，將可增加園藝價值。
根節蘭花不但開花期間比較短，在開花期間中也較容易受周邊環境條件的影響。它對強烈光線，乾燥空氣、風等都會敏感反應，使得花提前枯萎。將開花的盆花搬進室內時，也常常快速枯萎，可能是根節蘭的天然開花環境與人工開花環境之間有很大的落差。尤其是室內其空氣中濕度普遍偏低，而展示會場多人出入的場所，人體排出的二氧化碳濃度偏高，這些因素都會加速花的枯萎。因此，為了開發根節蘭為園藝植物，延長花的壽命將是重要育種目標之一。
此外，也可以從另一角度延長觀賞期間。就是開發一種從花蕾時期就有顏色的品種，從其花蕾期就可供觀賞，等於延長觀賞期間。
五、花具芳香性
一朵花的魅力達到頂尖須具備鮮麗花色，端正形狀，高雅的芳香等三項條件。四季的花卉很多，但均衡具備上述三條件的並不多。有芳香的花對觀賞人特別有吸引力，花所發散的芳香也具有引誘昆蟲來做受粉媒介。以往的育種目標著重花色多彩化和大輪化，未來的育種方向以應增加芳香性。
根節蘭類黃根節蘭會發淡淡的檸檬香，在第一代雜交時可保持其原有芳香，直接遺傳到實生苗之花，在育種過程中，多半在每代都有改良成果。因此，若要使得人工雜交種根節蘭的芳香性能在改良工作中占有地位，就得從開始育種時有意選擇芳香優先的品種。
六、葉的觀賞性
根節蘭每一莖展開三、四片葉，其大小則依發生順位而不同。葉長、葉寬、葉柄狀態則依根節蘭種類而稍異。大部分品種的葉子薄而表面無光澤，且到冬季葉柄便失去直立性而倒地。但有些根節蘭的葉子比其他種類厚，而且具光澤，到冬天也不致於失去葉柄的起立性。栽植於花壇的根節蘭通常不大重視葉的觀賞性，但盆栽根節蘭的葉則宜同時具備觀賞性，因為盆栽根節蘭的花與葉需搭配。將厚葉、光澤、起立性以及葉的形態的優美性納入花的改良，做為育種目標之一。
另外，植物容易發生變異，而這變異並不限於花，葉子也會發生。有一種常見的變異是，一部分葉子組織喪失葉綠素形成功能而形成白色乃至淡黃色絲狀，亦則暈色斑紋狀的，叫做斑葉。這是因某種突變引起，營養芽的芽條件突變也是原因之一，也會在種子階段發生，有些會顯示遺傳性。病毒感染也會導致斑葉。根節蘭惠出現斑葉，有些種類亦會出現在花上。斑葉是主要觀賞對象。多半斑葉不具遺傳性，不大會遺傳於實生苗，但偶而出現遺傳性斑葉。斑葉育種，若能同時具備高觀賞性花，將使其觀賞價值提昇。有斑葉的育種,是未來的育種方向之一。
七、異形花
花卉育種工作是多姿多彩的，有些育種目標則追求不尋常的可能性。異形花（奇花）是這種傾向之一。自然界已發現多種根節蘭異形花。都是因突變產生的，可能是形成花器時的基因亂象，由突變引起的形質，也可能遺傳給下一代的，一般認為變異花的遺傳力非常弱。變異化也可能透過育種，創作更奇形的花，或色彩富於變化的品種。
八、耐熱性、耐寒性
各種植物都有其特有的環境適應性，而這適應性是由基因控制的，不是藉由短暫的栽培化得以改善的。栽培不易的品種，若非由基因改變的話，應付手段不外是放棄栽培或人工設定其生長環境。台灣有十多種的原生根節蘭，其最適宜環境條件因品種而稍有不同，從其分布情形可看出原生地氣象和周邊的環境條件。
栽培環境的地區差異相當大，因此品種改良時也應配合該地方的地形與氣象特性，考量育成耐熱性或耐寒性品種。以育種手段，耐熱性較差的品種宜與耐熱性優異的品種雜交，改變基因組接受對方優點。長期而看，反覆雜交幾世代後，一定可達到效果，不過這工作需要長期和耐心。
九、抗病毒性
以病毒為病原體的植物病害侵犯各種作物，造成巨大損失，把原本生長於野生環境的根節蘭園藝化，正面臨受病毒危為害的威脅。全球各地為撲滅病毒付出的研究、開發、藥品開發非常多，但是目前還沒有決定性的有效方法。根節蘭是多年草本，一旦感染病毒，就繼續傳染於下一期，其影響之大與一年周期的蔬菜不可相比。目前的對策，主要放在防止感染病毒上，將來應考慮藉由育種育出抗病毒性特強的品種。
根節蘭的抗病毒性育種的第一步是從各種根節蘭中篩檢具有抗病毒或不易發病的種類。其次是，不管原種或交雜種，探索有沒有對感染性，發病性佳的個體做為育種親本。