針對不同中藥材的使用部位，其對環境需求與栽培年限亦不同，一些根部類藥材如地黃、太子參、丹參等都不宜連作(Lin et al., 2011; Lin et al., 2015; Liu et al., 2016; Wu et al., 2016)。據統計，在中國約有70％的塊根類藥用植物有不同程度的連作障礙問題，進而影響作物產量與品質，通常在同一區塊土地收穫後，需要間隔數年才可再度種植同種作物，此嚴重影響中藥材資源的可持續利用性，並限制中藥產業的進一步發展(Zhang and Lin, 2009)。過去研究顯示，連作栽培所引發的問題主要有三個，如土壤肥力下降、由土壤引起的病蟲害以及植物根系所分泌的自毒性物質(Lin et al., 2011)。近年來有研究認為，連作障礙是由植物根系所釋放物質進入土壤中，改變土壤物理與化學性質，促成根圈(rhizosphere)土壤微生物群落多樣化發展，影響營養循環和能量流動，最後影響植物生育與產量(Lin et al., 2015; Wu et al., 2011; Wu et al., 2013)。此種根圈微生態結構失衡問題，在地黃連作中亦有發現，連作栽培導致葉綠素含量減少，光合作用能力和根系活力下降，其相關的蛋白質合成下降，導致塊根無法正常膨大使產量減少、主要藥用成分梓醇（catalpol）含量變少以及土壤病害嚴重等，讓作物生長陷入惡性循環之困境，對外界環境如乾旱、高溫、病蟲害等防禦能力下降，直接或間接影響其產量與品質(Lin et al., 2011; Zhang et al., 2009)。另外，太子參連作栽培，根部分泌酚類物質導致根圈土壤微生物群落改變及結構失衡，增加對土壤病原菌的易感性，使太子參再度種植的發病率增加(Wu et al., 2016)；而太子參與水稻或大豆輪作，能促進土壤中重要酶的活性，以及使有益微生物群落增加，提高其產量及多醣類(polysaccharide)與皂苷(saponin) 等主要藥用成分含量(Lin et al., 2015)。

丹參為多年生草本植物，但在台灣氣候環境溫暖濕潤，栽培丹參宜秋作種植一年即可收穫，其產量與品質皆高於二年生（張，2013），而研究結果顯示，在同一塊田區栽培丹參連作3年，其根部產量與有效成分皆比輪作栽培方式者為低。有研究指出，持續的連作會導致土壤養分失衡、自身毒素的產生，甚或使土壤微生物群落結構產生變化，而植物所釋放的物質進入土壤中會改變土壤的物理與化學性質，促成根際(rhizosphere) 土壤微生物群落多樣化的發展，結果改變後的微生物群落會影響營養循環和能量流動，因此影響植物生長和產量。而作物輪作則是一種常見且有用的農業生產方式，用來克服連作所產生的相關問題，避免因連作引發病蟲害與土壤養分失衡之問題，影響作物的生長與產量，因此未來應建構根部類藥材的輪作體系，以增進土地利用的親和性，降低病蟲害防治的生產成本，並可提高產量與品質，以確保所生產的中藥材具有其藥用價值。

參考文獻
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