臺灣藜因葉片較大，因此需水亦較為殷切。若水源充足時，應視土壤狀況適度灌水，以確保植株生長良好，尤其是營養生長期及抽穗開花期最為需要，至穗轉色期及成熟期則需水較少。灌溉採用噴灌或以畦溝灌水至八分滿，使水分能逐漸被吸收至畦面全面濕潤後即可排水。臺灣藜忌淹水，尤以播種後至幼苗期受影響較大，需注意於豪雨來臨前加強田間排水，保持溝渠通暢。