茭白筍是利用分株法來繁殖，由於茭白筍的細胞染色體分裂不均而導致不稔，因此茭白筍皆以無性繁殖方式育苗繁殖，而它又受到黑穗菌的影響與植株生長勢之交感，即使栽培管理工作十分恰當，也不可能絕對防止雄株及黑心的發生，以及品種特性的退化。因此，種植茭白筍要十分重視優良母株的選種工作，除了要具有本品種特性外，尚須注意母株中不可混雜有公株(開花株)或灰茭(黑心)，選擇生育平均、株型較矮，孕茭率高的植株為母株。

        選拔工作應在植株生育及採收期間同時進行，將符合標準的植株做標記，以便日後辨認。另外母經選拔必須做到每年每季選種的地步，不能有所疏忽。如發現雄株或黑心的茭白筍欉，最好立即將此茭白筍欉挖去，或用圓鍬把此欉四週的地下莖鏟斷，以防蔓延。在春播育苗前20天，將前期做好標記之優良母株用鏟子或鋤頭自根部帶土一起挖取，然後將根部翻轉曝曬於田間或空地，通常每分地需要母莖60-100欉。經曬乾後的母株用鋤頭打散附著土，在用刀子切取母株上殘留的綠色短縮莖，並去除地上乾枯部與鬚根，留取約15公分的短縮莖，供育苗或直播用。