極少數人在飲用鮮乳後發生腹痛、下痢、溼疹、氣喘樣支氣管炎、蕁麻疹等症狀，這就是所謂的"牛乳過敏(Milk allergy)"。造成牛乳過敏的原因，是所飲用鮮乳的蛋白質在尚未完全消化的狀態下通過腸壁而進入血液中成為抗原，以致使體內對抗原產生抗體，當下一次再接觸到抗原蛋白質時，即會引起過敏反應(抗原-抗體反應)。相當多的食品會引起過敏，只要含有蛋白質的食品均有可能。會對牛乳的人過敏症，一般在嬰兒出生後一個月內即開始發生，而在一歲後大多自然痊癒，因為新生兒的腸管尚未充分發育，腸黏膜的通透性較高，所以發生對牛乳蛋白質過敏的機率也較大。為使牛乳過敏兒能喝牛乳，可採用「減感飲用法」，即從飲用極少量牛乳開始，逐漸少量增加使其習慣。