蔬菜栽培上會利用嫁接在具有抗病性的根砧上來防治病害；特別是針對土壤傳播性的病害防治。惟根砧之選擇必須兼具與嫁接作物的親合性及不影響品質與風味為原則。瓜類主要以防治鎌孢菌害為主，如西瓜常以南瓜或扁蒲為砧木防治西瓜蔓割病，在台灣已成為重要栽培方法之一。而利用篩選具有耐性的南瓜或冬瓜作為洋香瓜之根砧，可成功降低洋香瓜之黑點根腐病。常用於做為抗蔓割病之優良根砧的南瓜種類包括：中國南瓜的壯士、仁武品種以及黑子南瓜。