良好的整枝修剪及適度除去南瓜下位老葉，有助通風及採光，減少病蟲害發生，並使營養集中、促進果實肥大。整枝修剪時需注意刀剪消毒，以避免成為傳播病源的管道，田間操作以70%酒精消毒最為方便。
①中國南瓜：因分枝性較強，母蔓不摘心，留基部較強壯的子蔓2-3條，並摘除 孫蔓，自結果節位發生的側蔓留1-2片葉後摘心。
②西洋南瓜：可採用單蔓或雙蔓整枝，如採單蔓整枝管理，引蔓時需持續生長的子蔓摘除；採行雙蔓整枝法，於母蔓生長至6-8節位時摘心，之後選擇2條生長強健的子蔓引作為結果蔓，其餘子蔓剪除，結果蔓上結果節位發生的側枝（即孫蔓）均留1葉摘心，其餘側枝剪除。
③觀賞南瓜：蔓性的觀賞南瓜品種，一般生長至1公尺左右時，在主蔓節間會萌生許多子蔓，可採用任其生長不加以整枝修剪；若是採用棚架栽培方式，在生育期間要隨時引蔓上棚架，使其均勻生長分布在棚架上。