日本對台灣凱覦已久，甲午戰爭之前即派員至台灣探訪民俗，勘測海灣。清廷戰敗後，一紙「馬關條約」將台灣割讓給日本。日本據台以後，立即進行全臺漁業調查，當時各次調查的報告或復命書，為我們留下了百年前台灣漁業的詳實紀錄。日本占領台灣的時候，台灣的漁業十分落後，日人曾經對台灣漁業有下列之評述：「本島恰為黑潮之通路，魚族夥集，常為航海者所共同目擊，然島民對於漁業之法不甚熟悉，尤其遠洋之作業，全然不知其道，致坐失漁利，所以要用適當之漁船漁具，僱用熟練之技術者及漁夫，作漁業之探險，依其成果，設獎勵辦法，並將探險所得，予以化製，尋出可以輸出之魚類，沿海之雜魚等，可以不待官方保護獎勵，不久就可以見其發展。」可見當時台灣並沒有遠洋漁業，幾乎全在沿岸海域作業。
漁村作業的組織，有獨資或2-3人出資僱用漁民。也有數十個漁夫共同出資經營，前者漁獲收入3/10歸資方， 7/10由勞方分配，後者由漁人均分。作業漁場以一村獨占或各村入會方式作業，沿用傳統的習慣，互不侵犯。漁獲大部分在岸邊由魚商生鮮收購，漁獲量大時則部分製成乾製品或鹽藏品出售。
捕撈鳥魚及製作烏魚子，依然是南部沿海漁民的重要經濟來源，冬季鳥魚季節來臨，南台灣西海岸沿岸有許多魚寮供前來捕魚的漁人暫住。
由鹽水至鵝鑒鼻沿岸，鳥魚季節時設置了許多寮所，供出漁人暫時居住棲生。寮所大部分為商人出資興建之草屋，面積8-10坪，建築費用的-20日圈，漁期中每棟租用一月約10日圓，每棟住十餘人，十分擁擠，寢具炊具縱橫狼籍，環境極差。若以漁寮分布區域可畫分為第一區(打狗)、第二區(東港)、第三區(材寮)、第四區(楓港)、第五區(車城)、第六區(其他)，以第三區材寮寮所為例，計有的組、41個寮所、漁夫長的人、漁夫357人、竹棧129隻，網其為鳥魚網84張、烏靴96筒、魚桶46支、魚菜46支、烏川的箱。
鳥魚子製作依然傳統，高雄鳥魚子製作，新鮮鳥魚洗淨後由背脊切開取出鳥魚卵，再以清水洗除污物，用鹽圍在潰一晝夜後取出洗淨，讓鹽自然滲出後排列在木板上乾燥，注意氣溫及光熱，如高溫則在2-3尺上方加以掩蓋，使其蔭乾燥，維持鳥魚子的內外水分均勻，並注意預防皮膜裂開，乾燥至一定程度後轉在室內疊放，以自然的重量將鳥魚子壓成扁圓形，5-6日製成，內銷或銷廈門。明治29年，由日 本長崎縣請技師來台示範製作鳥魚子1，000斤，並試銷大阪。