愛玉子如未食用，建議不要從瘦果皮刮下，可延長保存時間，平時可放置在陰涼乾燥的地方，減少與空氣接觸，避免酵素或性下降。一般新鮮愛玉子約可放置2年，放越久種子顏色越深，搓出的愛玉凍也會顏色變深，而且因為酵素含量下降，因此需降低水的倍率，避免有不凝固的現象產生。 (例如:原本新鮮時，加80倍的水，放置一年後，改為加50倍的水)