絲藻會與微細藻競爭營養鹽，因此任一種若已成優勢，則另一種將長不起來，此原則乃天然消除法。因此，最好在放養開始時，依整池、曬池原則先作水，則絲藻無法長出。若已長出絲藻，數量不多時，可引入藻水濃厚之他池池水，以壓過絲藻之生長；若數量很多，則需用人力撈除或加殺藻劑除去(使用殺藻劑必需考慮養殖物之種類、大小及養殖狀況；最好不用)，最後仍需引入他池藻水，使不再復發。