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因為養殖地點位於沿近海需考慮天然環境因素，如：海流、水溫等，而人為因素則需考慮航運及污染等問題，也因為養殖設備位於沿近海，所以需具備動力小船當作運輸、交通及投餌的工具，增加投資成本，且網具維護不易，清洗作業不便又費時，有被其他不肖漁民盜取魚隻的風險，魚病管理不易又容易受天災影響導致養殖戶血本無歸。

但因為箱網養殖繫利用天然環境來進行養殖，除了可以避免土壤鹹化及地層下陷的問題外，亦可使陸地資源獲得更有效的規劃。所以若能監控海況達到適當的養殖規模，並有效的經營與管理，便能降低企業成本，達到獲利的目的。