國內對野生動物保護的主要法規為「野生動物保育法」及其實施細則「野生動物保育法施行細則」。該法將野生動物分成兩類：保育類與一般類；而保育類又細分瀕臨絕種野生動物、珍貴稀有野生動物以及其它應予保育之野生動物等三類。至於野生動物的保護程度則由野生動物保育諮詢委員會來評估與分類，並交由中央主管機關指定公告，並製作名錄。
海馬並未出現在「保育類野生動物名錄」中，亦即海馬被歸類為一般野生動物，因此，在國內海馬買賣上，沒有特別的限制。不過，海馬是被列為CITES中的第二附錄，故，海馬在進行國際貿易進出口時，須要提出一些出口國的證明文件。由於海馬列於「准許輸入觀賞水產動物名錄」中，進口商在進口海馬時，雖不需要經過農委會漁業署的審查，但仍得提相關證明文件向海關申報。