由於海馬會隨著環境等因素改變體色，造成分辨不易，所以世界上海馬的紀錄曾經高達120種，但經過更仔細的比對後，大部分被認為係同種異名（Synonym），現在全世界的海馬共有55種：

海馬種類

學名	中文	學名	中文
Hippocampus abdominalis	膨腹海馬	Hippocampus kelloggi	克氏海馬
Hippocampus alatus	翼海馬	Hippocampus kuda	庫達海馬
Hippocampus algiricus	食藻海馬	Hippocampus lichtensteinii	利氏海馬
Hippocampus angustus	西澳海馬	Hippocampus minotaur	夢海馬
Hippocampus barbouri	巴博海馬	Hippocampus mohnikei	莫氏海馬(日本海馬)
Hippocampus bargibanti	巴氏海馬	Hippocampus montebelloensis	大環海馬
Hippocampus biocellatus	雙斑海馬	Hippocampus multispinus	多棘海馬
Hippocampus borboniensis	留尼汪島海馬	Hippocampus paradoxus	魔海馬
Hippocampus breviceps	短頭海馬	Hippocampus patagonicus	阿根廷海馬
Hippocampus camelopardalis	駝背海馬	Hippocampus pontohi	彭氏海馬
Hippocampus capensis	南非海馬	Hippocampus procerus	高角海馬
Hippocampus colemani	克里蒙氏海馬	Hippocampus pusillus	弱海馬
Hippocampus comes	虎尾海馬	Hippocampus queenslandicus	昆士蘭海馬
Hippocampus coronatus	冠海馬	Hippocampus reidi	吻海馬
Hippocampus curvicuspis	彎棘海馬	Hippocampus satomiae	薩氏海馬
Hippocampus debelius	德貝海馬	Hippocampus semispinosus	半棘海馬
Hippocampus denise	丹尼斯海馬	Hippocampus severnsi	賽氏海馬
Hippocampus erectus	直立海馬	Hippocampus sindonis	花海馬
Hippocampus fisheri	菲氏海馬	Hippocampus spinosissimus	棘海馬
Hippocampus fuscus	棕海馬	Hippocampus subelongatus	亞長身海馬
Hippocampus grandiceps	大頭海馬	Hippocampus suezensis	蘇伊士海馬
Hippocampus guttulatus	淺黃海馬	Hippocampus trimaculatus	三斑海馬
Hippocampus hendriki	亨氏海馬	Hippocampus tyro	多環海馬
Hippocampus hippocampus	歐洲海馬	Hippocampus waleananus	偉利海馬
Hippocampus histrix	刺海馬	Hippocampus whitei	懷氏海馬
Hippocampus ingens	太平洋海馬	Hippocampus zebra	條紋海馬
Hippocampus jayakari	傑氏海馬	Hippocampus zosterae	小海馬
Hippocampus jugumus	棘眼海馬

預計品種將會繼續增加，而目前台灣的周邊海域，就紀錄了「庫達海馬」、「三斑海馬」、「棘海馬」、「長棘海馬」以及近年發現的「巴氏豆丁海馬」等，可見台灣海域是如此的多樣繽紛。