海馬在分類學上是屬於海龍亞目（Syngnathoidae），海龍科（Syngnathidae,出自希臘字,意即 fuse jaws－合顎類之意），海馬屬（Hippocampus, 衍生自希臘字,意即horse/sea monster－－海中像馬的魔鬼）。
脊索動物門（Chordata ）
脊椎動物亞門（Vertebrate）
硬骨魚綱（Osteichthyes）
條鰭亞綱（Actinopterygii）
棘魚目（Gasterosteiformes）
海龍亞目（Syngnathoidae）
海龍科（Syngnathidae）
海馬亞科（Hippocampinae）