由於許多水生植物具有隨水移動繁衍的特性，所以在族群拓展上具有優勢。再加上部分種類生長極為快速，故常有部分種類過分拓展而危害到其他物種的情形。因此在水生植物領域上，有關原生種與外來種的討論特別受到重視。尤其是外來種侵略與原生種保育的議題上，更受到學者、專家與各個生態保育團體的重視與研究。

除了依生育特性分成挺水、沉水、浮水、浮葉等四大分類外，水生植物常被劃分為「原生種」與「外來種」水生植物兩大類。「原生種」水生植物顧名思義，即是台灣原生的水生植物，也就是水生植物的原住民。根據「台灣水生植物圖誌」中提及，台灣可稱之為水生微管束植物的種類，至民國90年為止，分屬於65科132屬約296個分類群，其中單子葉部分以莎草科與禾本科為主，雙子葉部分則以玄參科與千屈菜科種類最豐富，但在雙子葉部分因為甚少提及水生特性，因此對台灣原生水生植物的印象是種類稀少且多數印象為莎草科與禾本科草類。而隨著近年本土意識與生態議題逐漸受到重視，台灣原生水生植物逐漸嶄露頭角，尤其是台灣特有種類，如台灣萍蓬草、台灣水韭等，以及瀕臨絕種的原生水生植物，如穗花棋盤腳、風箱樹等，都成為熱門的討論與收集種植對象。

相對於「原生種」水生植物，「外來種」便是一個能見度較高的族群。這些在最近數十年到百年間經由人為引進的種類，多具有觀賞或其他價值，因此也較為大眾所認識。尤其近來最受廣泛討論的，便是被大力躂伐的布袋蓮、水芙蓉以及人厭槐葉蘋等外來種水生植物。這些被稱為「水生公害」的水生植物，主要是因為生長速度過快，可輕易長滿整個水面，造成河道、灌溉溝渠阻塞，影響農地灌溉，甚至引發淹水，再加上侵略性強，會影響其他水生植物的生長，造成其他水生物種的消失，因此每年都需要花鉅額預算來整治移除，增加不少社會成本。

然而許多外來種水生植物，也扮演了人們與水生植物間溝通的橋樑。例如荷花與睡蓮，便是大家最熟悉的外來種水生植物，而常吃的空心菜、茭白筍，也是早期人為引進的水生植物，因此並非外來種水生植物即非善類，只是在種植、販賣與居家觀賞利用時，更須注意其侵略型及善後。譬如不種植、不販賣具高侵略性的水生植物，或是種植時需嚴加注意不讓它外流至開放水域；而一般民眾買回觀賞，經一段時間植株變醜之後，不輕易將植株棄置在水溝河流中，應該將它以家中垃圾來處理，以免影響水域生態。