虱目魚本身不像其他魚種那麼容易得病，因為虱目魚是熱帶性魚，在水溫低於14℃時，虱目魚的活性會開始下降，這時原本身強體壯的虱目魚就容易被細菌或者寄生蟲攻擊而得病。而養殖的魚塭中，也有可能會存在和虱目魚競爭的魚種，對虱目魚的成長造成威脅。主要的害於有吳郭魚和夏威夷海鰱。另外，鳥類也會捕食魚塭中的虱目魚，亦是虱目魚的敵人之ㄧ。以下就分別介紹這些虱目魚的敵人。

        對虱目魚有害的主要是肉食性的夏威夷海鰱，會?食虱目魚。此魚的外觀與虱目魚花很相似，是透明的不容易分辨，不同的是，夏威夷海鰱的體型較大而且沒有三點色素斑，可利用此差異性將其去除。在虱目魚達到完全養殖後，皆使用人工孵化的魚苗，此魚也不再像以往那麼容易混入魚苗中。而另外一種會影響虱目魚的魚種，是吳郭魚。吳郭魚雖然不像夏威夷海鰱會?食虱目魚，但繁殖速度過快會跟虱目魚搶食餌料。除此之外，吳郭魚還會在池底挖洞破壞底藻。除去吳郭魚的方法可以在放養前用茶粕徹底殺死吳郭魚或者是在越冬時將之去除。如果池中的吳郭魚真的太多，就必須將池水放乾，使於進入於溜中，再重新點一次魚，將雜魚除去。

        漁塭平常會有鳥類活動有些也會捕食虱目魚，常見的有白鷺鷥及夜鷺，通常是在夜間活動補食虱目魚，但也有觀察到在日間活動的記錄。有時在冬季時還會出現小型燕鷗。

        害蟲的部分主要是紅筋蟲，為草蚊的幼蟲，居住在池底並做出土管，會破壞底藻，且食用底藻和虱目魚競爭，於雨季時最多，每平方公尺約2,000 條，最高曾達40,000 條，危害甚大。草蚊會在岸邊的水草上產卵，卵為橢圓形，包在膠質中而成長串，約3－5 天孵化 (28℃)，體長0.7－0.85 cm，成蟲達9－12 cm，體色呈深紅色。此蟲可利用生物方法來去除，亦即在池中放養沙蝦攝食紅筋蟲，以達到防除之目的，又可有沙蝦之收益，有益而無害。

        虱目魚本身免疫力佳並不容易受到細菌或寄生蟲感染，但在氣候變冷水溫下降時，容易得病。尤其是虱目魚被趕入越冬溝時，造成體表擦傷，此虱目魚更容易受V. anguillarum 感染。病徵是魚的腹部會出現紅斑(虱目魚紅斑症)，腸部發炎，按壓後會有腸黏液油洩殖孔排出，有時眼部受感染後會發白嚴重的話會全盲。

        魚蚤 (Fish louse) 是虱目魚主要的寄生蟲，又以橈足類Caligus orientalis為最主要寄生蟲。魚蚤感染後，會使魚體表黏液脫落，會使魚體失血變黑，並引發細菌感染。