蜜蜂剛採回的花粉含水量約15~20%，有時高達30~40%，必需儘快加以乾燥處理，以防發黴變質及有利於長時間保存，為確保花粉長時間的穩定性，一般應乾燥至含水量小於5%。

乾燥方式有熱風乾燥、紅外線乾燥、除濕乾燥、冷凍乾燥等方式，目前國內大都採用熱風式乾燥，熱風式乾燥國內已有多家廠商生產，選用風速及溫度均可調節的機種，以方便乾燥時溫濕度的調控。乾燥時一般溫度控制在40℃左右，如新採的花粉含水率較高時，乾燥初期宜增強送風速度，加速乾燥效果，以防因濕熱而使花粉顏色變深，每層所輔放花粉量也不直過多，厚度以不超過1公分為宜，初期在一定時間內應翻拌數次以增加乾燥效率。