觀察小丑魚第一次的產卵，發現牠會在產卵前 2-3 日，親魚會選擇旁邊有海葵生長之礁石為產卵場，雌、雄魚會積極以其口啄除產卵床上之藻類及沉積物，有時會用尾部清理小石頭，此種清潔行為越接近產卵時間會越頻繁，直至開始產卵才會停止，此時雌魚腹部明顯膨大，雄魚之生殖突起明顯突出。而從第二次產卵以後之清潔產卵場行為，在產卵前 2~3 小時才會開始進行，可能與產卵場已經固定下來有關。

接近產卵前 2~3 小時，雌、雄魚之生殖突起明顯突出，剛開始產卵的 1 個小時內產卵動作會較密集，雌魚腹部會磨擦產卵場，將伸長的輸卵管靠近產卵場 ，輕輕抖動胸鰭並搖動下半身，一邊往前移一邊旋轉，每次產卵 20 多粒 ，雄魚會做出和雌魚一樣的動作 ，接著排精於橘紅色卵粒上，有時亦會雌雄同時動作，約 1 個小時後雌魚產卵動作趨緩，間隔時間延長為 0.5~1.5 分鐘 ，雌、雄魚於產卵、排精空檔，會不斷地去驅趕靠近的魚。

根據觀察，單次的產卵量有逐年增加的趨勢，例如咖啡小丑第一次產卵量約 300 粒左右 ，產卵至目前為止約第三年，產卵量已增加到1300 -1500 粒左右。 在環境條件合適條件下，一個月可產卵二次，更可以終年不間斷地產卵。

公子小丑及紅小丑的產卵量也有逐年增加的情形，但是，本中心於 90 年最早繁殖的一對鞍背小丑，產卵量則從產卵高峰的 3600 粒，下降至今的 1800 粒，可能原因是這對種魚目前在本中心附設台東海生館展示，飼養餌料可能不足及照料不夠用心有關。

鞍背小丑 -雌魚產卵                                            鞍背小丑 -雄魚排精受精                                      鞍背小丑 -親魚護卵
                            

公子小丑 -產卵                                                 咖啡小丑 -產卵                                                      紅小丑 -產卵