香蕉抽穗後，於完成整把、疏花、疏果、去蕾之時，果房應以套袋保護，套袋的功能主要是避免沾染灰塵、提高果串重量、縮短產蕉週期、減少病原菌、昆蟲、小動物、葉片、支柱及採收時搬運對果房所造成的傷害。

目前在台灣使用的香蕉套袋種類主要有牛皮紙套袋、PE袋、PE袋上方套半截牛皮紙套袋（折衷式套袋），而近年亦出現不織布或其他布料等材質做為香蕉套袋。套袋時應將果房套袋拉直、避免套袋上端因凹陷而積水破裂。

台灣香蕉大量生產的季節在每年四至六月。此期間使用藍色PE套袋保護果房的綠熟蕉，尤其是果串上方的大把蕉在催熟後，會發生部份果皮無法轉黃的現象，稱為「兩段著色」，日人稱之為「青丹」（Aodan）。「兩段著色」為台灣香蕉特有的問題。此種轉色障礙，疑與香蕉抽穗後果串發育期所遭遇的季節性低溫有關，而與催熟技術無關。若在十二月以後至隔年三月間抽穗的果房，使用棕色牛皮紙套袋作果房保護，可大幅降低「兩段著色」的發生率，而折衷式套袋亦能達到相似的效果，惟此種作業過程須行兩次套袋動作，不但費工而且易發生內襯紙移位導致果指燒傷之損失。牛皮紙套袋除能降低兩段著色的缺點外，還具有以下優點：

（1）阻隔陽光，降低燒傷果指機率

（2）一次完成套袋工作，省時省工

（3）袋上無孔洞，可杜絕灰塵污染果房；並防止病原菌感染

（4）果串色澤均勻青翠，減少上下果把間的差異，提升綠熟蕉外觀品質

（5）催熟後的黃熟蕉顯得更為亮麗

惟牛皮紙套袋的價格約為PE套袋約兩倍，生產成本增加是其缺點。